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En 1977 llegan al equipo el volante argentino Eduardo «El Indio» Solari y Alfredo «El Maestrico» Arango. Vuelve el defensa Jesús «El Toto» Rubio. En el Torneo Apertura, Junior termina primero con 35 puntos, dos más que su perseguidor Deportivo Cali. Así, Junior ganaba el Torneo Apertura y clasificaba automáticamente al Hexagonal Final. En el Torneo Finalización, Junior quedó ubicado en el grupo A, quedando último con 18 puntos. En el Hexagonal Final, Junior terminó primero con 15 puntos, tres más que el subcampeón Deportivo Cali. Así, Junior obtenía su primer campeonato nacional y su segunda participación en Copa Libertadores.36 Al final de la temporada se van del equipo los argentinos Eduardo «El Indio» Solari, Juan Ramón Verón y Juan Carlos Delménico.
1980: Segunda estrella[editar]
En 1980 vuelve el arquero argentino Juan Carlos Delménico. En el campeonato colombiano, Junior termina líder del Torneo Apertura con 35 puntos, con los mismos puntos del segundo (Deportivo Cali). Junior y Deportivo Cali clasificaron a los Cuadrangulares Semifinales. En el Torneo Finalización, Junior queda último del grupo A con 10 puntos. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior terminó líder del grupo B con 8 puntos, 1 más que el segundo Atlético Nacional, clasificando al Cuadrangular Final, en donde enfrentaría a Atlético Nacional, Deportivo Cali y América de Cali. Junior queda campeón al no perder ningún partido en el Cuadrangular Final y cosechar 9 puntos, sacándole 2 de ventaja al Deportivo Cali que quedó subcampeón con 7 puntos. Junior así conseguía su segunda estrella y su tercera clasificación a Copa Libertadores.37
1993: Tercera estrella[editar]
En 1993 vuelven Alexis Mendoza, Miguel «Niche» Guerrero y Oswaldo Mackenzie. Llegan por primera vez Jorge Bolaño y el máximo ídolo en la historia del equipo y mejor jugador colombiano de la historia:38 Carlos «El Pibe» Valderrama (incluido en el top 50 de los mejores jugadores de fútbol de la historia según la FIFA). En el Torneo Apertura, Junior queda líder del grupo B con 21 puntos (5 más que el segundo Atlético Nacional) clasificando a los Cuadrangulares Finales. En el Torneo Finalización, Junior termina segundo con 35 puntos (4 menos que el líder Independiente Medellín). De bonificación de los dos torneos, Junior recibió 1,50 puntos. En los Cuadrangulares Finales, Junior queda en el grupo A junto a Atlético Nacional, Millonarios y Once Caldas. Junior queda segundo con los mismos puntos que el líder Atlético Nacional (8,50 puntos). En el Cuadrangular Final, Junior queda líder con 7 puntos (los mismos que el Independiente Medellín). Miguel Ángel «El Niche» Guerrero queda goleador con 34 goles.39 Junior clasifica a su quinta Copa Libertadores y gana por tercera vez el campeonato colombiano.
Carlos el Pibe Valderrama, bicampeón con Junior.
1994: Copa Libertadores[editar]
En 1994 llegó el delantero chileno Cristian Montecinos. Junior participa en su quinta Copa Libertadores. Quedó ubicado en el grupo 1 junto a Independiente Medellín, Olimpia de Paraguay y Cerro Porteño de Paraguay. Termina tercero del grupo con 5 puntos. En los Octavos de Final se enfrenta con Colo-Colo de Chile, terminando en un resultado global 3-3. En los penaltis, Junior ganó 4-3. En los Cuartos de Final, Junior se enfrentó a Independiente Medellín ganando 2-0. En las Semifinales, enfrenta al club argentino Vélez Sársfield. Cada equipo gana un partido 2-1 por lo que el resultado global terminó 3-3. Al final, en los penaltis, Junior fue vencido 5-4 quedando eliminado del torneo.40
1995: Cuarta estrella[editar]
En 1995 quedó campeón de Torneo Colombiano con 62 puntos (2 más que el subcampeón América de Cali. Así, Junior gana por cuarta vez el campeonato colombiano y clasifica a su sexta Copa Libertadores. Iván René Valenciano es goleador con 24 goles.41
2004: Quinta estrella[editar]
En el Torneo Apertura 2004, Junior termina quinto con 30 puntos, clasificando a los Cuadrangulares Semifinales. En los cuadrangulares, Junior queda ubicado en el grupo A junto a Atlético Nacional, América de Cali y Deportivo Pasto. Junior termina último con 6 puntos. En el Torneo Finalización 2004, Junior clasifica a los cuadrangulares semifinales, octavo con 28 puntos. Queda ubicado en el grupo B junto a Deportivo Cali, Independiente Medellín y Atlético Bucaramanga, clasificando a la final con 13 puntos (5 más que el Deportivo Cali). En la Final, Junior enfrenta a Atlético Nacional. En el partido de Barranquilla, Junior venció 3-0. En el partido de Medellín, Atlético Nacional vence a Junior 5-2, quedando un resultado global de 5-5 y obligando a la serie de penales en donde Junior vence 5-4. Junior así obtenía su quinto título nacional y su novena clasificación a Copa Libertadores.42 También Junior fue campeón del torneo amistoso Copa Cotton USA, realizada en Medellín como homenaje a los 10 años de la muerte de Andrés Escobar.43
2006-2008: Crisis[editar]
Luego de la participación en Copa Libertadores, donde quedó eliminado en octavos de final por Boca Juniors de Argentina, y de casi ser finalista en el Torneo Finalización,44 para el Torneo Apertura 2006 vuelve al equipo el histórico Víctor Danilo Pacheco, quien se retiraría a final del año. En ese certamen, Junior termina 16°, haciendo una de sus peores campañas de la historia con 17 puntos, quedando eliminado del torneo. Para el Torneo Finalización vuelve el argentino Omar Sebastián Pérez (procedente de México) y el máximo goleador del equipo en su historia: Iván René Valenciano. Junior terminó 15 con 17 puntos, quedando eliminado del torneo.45 A final de año salen Hayder Palacio e Iván René Valenciano.
Para el Torneo Apertura de 2007 llegó al equipo el entonces desconocido Teófilo Gutiérrez; pero la gran contratación del equipo fue el argentino Gabriel Fernández. En este torneo, Junior termina 11 con 23 puntos, quedando eliminado del certamen. A mitad de año se van Gabriel Fernández y Omar Sebastián Pérez. Para el Torneo Finalización llega Carlos Valderrama como director deportivo del equipo, Junior termina 13 con 18 puntos, quedando eliminado del certamen.46
Final del torneo apertura 2009.
A principios de 2008 Junior se vio amenazado por el descenso por lo que contrató a Giovanni Hernández como principal atracción, y trajo de vuelta a Hayder Palacio (quien había jugado el último año en el Deportivo Cali) para el Torneo Apertura. En este torneo, Junior termina 12 con 24 puntos, quedando eliminado. En la Copa Colombia termina líder del grupo A con 20 puntos, 1 más que el Unión Magdalena, clasificándose a la segunda fase. Martín Arzuaga volvió al equipo para el segundo semestre.47
En 2008, en medio de la peor crisis en la historia del club. Giovanni Hernández, fue el eje de juego del cuadro barranquillero, así como un jugador clave en los títulos de 2010-I y de 2011-II.
En el Torneo Finalización, Junior termina segundo con 31 puntos (dos menos que el líder Deportes Tolima) clasificando a los cuadrangulares semifinales después de dos años y medio. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior quedó en el grupo B junto a América de Cali, DeportivoPereira y Deportivo Cali, terminando tercero con 7 puntos y quedando eliminado del torneo.48 En la Copa Colombia Junior quedaría eliminado en segunda fase a manos de Envigado F.C al perder 1-0 en Envigado y ganar 3-2 en Barranquilla, clasificando Envigado F.C por mayor cantidad de goles de visitante. A final de año Martín Arzuaga sale del equipo.
Para el Torneo Apertura 2009 llegan Ricardo Ciciliano y Adrián Berbia como principales contrataciones. En este torneo, Junior termina segundo con 31 puntos (1 menos que el líder Deportes Tolima), clasificando a los cuadrangulares semifinales donde queda ubicado en el grupo B junto a Deportivo Cali, Envigado F. C. y Cúcuta Deportivo, terminando líder con 9 puntos (los mismos que el Deportivo Cali que se vio perjudicado al quedar Junior en mejor posición en la fase Todos contra Todos) clasificando a la final. En la final, Junior enfrenta a Once Caldas. Junior pierde los dos partidos 2-1 en Manizales y 1-3 en Barranquilla. Así, Junior conseguiría su sexto subcampeonato. Teófilo Gutiérrez es goleador del Torneo Apertura con 16 goles. Mientras, en Copa Colombia, Junior termina 2° del grupo A con 21 puntos (1 menos que el líder Atlético de la Sabana), clasificando a la segunda fase del torneo.49
Para el Torneo Finalización, Junior contrató al experimentado volante Freddy «Totono» Grisales. Junior termina sexto con 27 puntos (11 menos que el líder Independiente Medellín, clasificando a los cuadrangulares semifinales, donde después del sorteo queda ubicado en el grupo A junto a Independiente Medellín, Deportivo Pereira y Real Cartagena. Junior termina segundo con 9 puntos, 5 menos que el líder Independiente Medellín, quedando eliminado del torneo. Sin embargo, Junior consigue el tercer cupo colombiano a la Copa Libertadores al ser el equipo que más puntos logró en el año (76) superando por dos puntos al Deportes Tolima.
En la Copa Colombia, Junior enfrenta a Medellín, eliminandolo con un global de 3-2 (3-1 en Barranquilla y 1-0 en Medellín), clasificando a la tercera fase, donde enfrentaría al Deportes Quindío, empatando 0-0 en Armenia y 2-2 en Barranquilla. Desde los penales clasifica Junior a semifinales, donde enfrentaría a Deportivo Pasto, perdiendo ambos partidos 3-1 y 1-2 en Pasto y Barranquilla respectivamente, quedando eliminados. Carlos Bacca logra coronarse goleador de la Copa Colombia con 11 goles, 4 más que su más cercano perseguidor Jorge Enrique Vargas (Atlético de la Sabana).
A pesar de haber logrado la clasificación a Copa Libertadores como equipo con más puntos cosechados durante 2009, el técnico Julio Comesaña es sustituido por Diego Edison Umaña. Al final del año salen del equipo Teófilo Gutiérrez (rumbo al fútbol turco vendido como uno de los jugadores más caros en la historia del club) y Camilo Ceballos y se retira Dúmar Rueda, siendo estas las principales bajas del equipo para el siguiente torneo.
2010: Apertura, sexta estrella[editar]
Para el 2010 llegan al equipo Paulo César Arango, Martín Arzuaga y el defensa panameño Román Torres como principales contrataciones. En la Copa Libertadores queda eliminado al perder la serie con Racing de Uruguay 4-2.50
En el Torneo Apertura termina tercero del todos contra todos con 32 puntos, dos menos que el líder Deportes Tolima luego de una sufrida clasificación en el que se le dieron los resultados que necesitaba y venció 2-0 a Envigado F. C.. En la semifinal venció a Independiente Medellín. En la final enfrentó a Equidad venciendo 3-2 en una final de infarto que se definió por un gol de carambola de Carlos Bacca faltando cuatro minutos para el final del encuentro. Junior así ganaba su sexto campeonato colombiano y clasifica a la Copa Libertadores. Carlos Bacca es goleador con 12 goles, los mismos de Carlos Rentería de La Equidad.51 Por la Copa Colombia, Junior logra terminar 2° del grupo A con 18 puntos, los mismos que el líder Real Cartagena, quien los superaba por diferencia de goles (5 contra 4), clasificando directamente a los octavos de final, a disputarse al siguiente semestre. Al final del campeonato salen el portero uruguayo Adrian Berbia, así como los delanteros Martín Arzuaga y Emerson Acuña.52
2011: Finalización, séptima estrella[editar]
Para la Copa Libertadores 2011 se contratan jugadores con nombre como Sebastián Viera (procedente del fútbol griego), John Viáfara, José Amaya, Sherman Cárdenas, Sergio Otalvaro, y Juan David Valencia, además del reciente goleador de la Primera B, Luis Paez. El equipo termina líder del grupo 2 con 13 puntos, 3 de ventaja sobre el escolta Gremio de Porto Alegre. En los octavos de final enfrenta a Jaguares de Chiapas, empatando 1 a 1 en Tuxtla Gutiérrez y 3 a 3 en Barranquilla, siendo eliminado por goles de visitante.53
Carlos Bacca quedó goleador por segundo año consecutivo en 2011-II.
Para el Torneo Finalización 2011 se cambia nuevamente de presidente, siendo Antonio Char el sucesor de Arturo Char. Junior contrata a Cristian Mejía como principal contratación, procedente del fútbol uruguayo. Después de 3 fechas del campeonato, donde se consiguió una derrota 0 a 3, un empate 0 a 0 y una victoria 4 a 0, Jorge Luis Pinto dejaría la dirección técnica tan solo 3 meses después de asumirla al aceptar una oferta para dirigir a la Selección Costa Rica. Su reemplazo sería José Eugenio «Cheché» Hernández recomendado por el mismo Pinto. El equipo termina 1° en el todos contra todos por primera vez en los torneos cortos, con 1 punto de ventaja sobre el escolta Itagüí Ditaires.54 En los cuartos de final enfrenta a Boyacá Chicó en una polémica serie donde solo se jugaron 45 minutos en Tunja debido a la agresión a Alejandro Gallejo un juez de línea que ya había tenido un antecedente en un partido entre Deportivo Pasto y Real Cartagena en el Torneo Finalización 200955 que perjudico al equipo nariñense que en la Temporada 2009 descendió a la Categoría Primera B.El equipo ajedrezado Boyacá Chicó fue sancionado con la anulación del punto que conseguía hasta ese momento, siendo suficiente el empate 2 a 2 en Barranquilla (después de estar el partido 0-2 en contra de Junior) para lograr clasificar a las semifinales, donde enfrentará a Millonarios en una serie épica donde Junior perdió 3-0 en Bogotá y remontó con el mismo marcador en Barranquilla, definiendo la clasificación desde los penales, donde Junior se impuso 5-4, en un partido donde la afición se hizo sentir. En la final enfrentaría a Once Caldas, ganando 3-2 en Barranquilla (después de remontar un 0-2) y perdiendo 2-1 en Manizales definiendo el título
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